1 Ocak 1961 yılında Eskişehir’in Mahmudiye ilçesine bağlı Türkmenmecidiye köyünde doğan İshak Gündoğan, ilkokul eğitimini doğduğu köyde tamamladı. Tarımla uğraşan Gündoğan, 1994-1999 yılları arasında Türkmenmecidiye Köyü Muhtarlığı 1. Azası olarak görev yaptı ve kısa bir süre muhtarlık yaptı.
1996-1997 yıllarında Türkmenmecidiye Köyü Sulama Kooperatifi Başkan Yardımcılığı görevinde bulundu. 22 Şubat 1997 ve 26 Şubat 2001 tarihlerinde Mahmudiye Ziraat Odası Meclis Başkanlığı görevine seçildi. Bu görevi 17 Şubat 2011 tarihine kadar yürüttü ve halen ziraat odası meclis kurulu üyeliğini sürdürmektedir.
Siyasi hayatında 2004 ve 2009 yerel seçimlerinde CHP’den Mahmudiye İl Genel Meclis Üyesi olarak seçildi. Bu süreçte İl Genel Meclisi CHP Grup Başkan Vekilliği görevini üstlendi ve 2013 yılında CHP yerel yönetici eğitimine katıldı.
30 Mart 2014, 31 Mart 2019 ve 31 Mart 2024 Mahalli İdareler Seçimlerinde Mahmudiye Belediye Başkanı seçilen İshak Gündoğan, halen görevine devam etmektedir.
Evli ve dört çocuk babasıdır.